Frank Davis est
encore sous le choc de la mort de son enfant et du rôle qu'il y a joué,
voyant sa chance d'expier en aidant d'autres parents potentiels d'enfants
mutants. Il essaie d'avertir les futurs parents Jody et Eugene Scott de
la vaste et dangereuse conspiration visant à assassiner leur bébé et les
autres enfants mutants à naître qui naissent dans tout le pays. Ils sont convaincus lorsqu'ils sont
accueillis par Mallory et une forte présence de policiers à l'hôpital alors
que Jody est sur le point d'accoucher. Elle est sauvée par Frank de la
maternité avant d’accoucher. Le bébé est transporté dans un camion
spécialement construit à cet effet. Ils parviennent
à échapper aux personnes qui les poursuivent.
Le bébé est placé avec deux autres dans une enceinte
isolée pour observation par les médecins avec lesquels Frank travaille. Frank
informe un Eugène sceptique du lien spécial que les bébés entretiennent avec
leurs parents. Bien qu'ils semblent s'adapter légèrement à la société,
ils profitent d'une opportunité pour s'échapper et commencent à faire des
ravages. Alors que l'un des autres bébés attaque Eugene dans la piscine,
le bébé Scott coince Jody avec des intentions peu claires jusqu'à ce que
Frank arrive pour désamorcer la situation. Frank découvre un dispositif
de guidage placé dans le sac à main de Jody par sa mère avant de mettre le
bébé en sécurité. Sur son chemin dans les bois, Frank est arrêté par un
veilleur de nuit, dont la lampe de poche effraie le bébé auparavant calme, et
il attaque et tue Frank dans une tentative de s'échapper.
Mallory (dont le vrai nom était
Preston) se révèle être le père du bébé monstre né à Seattle à la fin du
premier film, et convainc Eugene et Jody en convalescence que son peuple parvient
à suivre Jody jusqu'à l'endroit de Los Angeles où son bébé est pris. Le bébé les
trouve également et Jody calme un Eugene effrayé car le bébé n'est devenu
qu'une partie de la famille, tout comme Frank Davis l'avait dit précédemment. Cependant, Mallory intervient avec
l'intention de tuer le bébé, mais il l'attaque d'abord, forçant Eugene à lui
tirer dessus pour sauver la vie de Mallory.
Dans la dernière scène, on voit Eugene s'approcher
des futurs couples dans la rue pour les avertir et leur offrir son aide, tout
comme Frank Davis l'a fait pour lui.
